دوره زمانی پوشش داده شده: ۱۶۱۶. در ۸ مه ۱۶۱۵، نبرد تابستانی اوساکا به اوج خود رسیده است. این فیلم بلافاصله پس از وقایع «نینجا ۴: مه سایزو، آخرین نینجا» رخ می‌دهد. سایزو ملقب به «مه» که یک قدم از نیروهای شوگون جلوتر است، تلاش می‌کند تا خاندان سانادا را نجات دهد و با ترور اولین شوگون توکوگاوا، انتقام مرگ ارباب خود را بگیرد. به دنبال چهار فیلم اول این مجموعه فوق‌العاده، مهارت‌های نینجایی ناشناخته بیشتری برای اولین بار به جهان نشان داده می‌شود. با حمله انفرادی سایزو به قصر شوگون، هیجان و اکشن به اوج خود می‌رسد.

کوکوبو، کاپیتان تیم کندوی دانشگاه، برای کسانی که او را می‌شناسند یک راز است؛ فردی زاهد که تا حد وسواس شیفته سادگی و زیبایی هنر شمشیرزنی است. کاگاوا، یک دانشجوی مستعد اما مغرور کندو، مجذوب رهبری متعهدانه کوکوبو شده است اما به دلیل رفتار سرد و کناره‌گیرانه او، فاصله‌اش را حفظ می‌کند. با نزدیک شدن به مسابقات قهرمانی کشوری، این دو با هم درگیر می‌شوند؛ چرا که کوکوبو شاگردانش را با تمرینات سخت‌تر تحت فشار می‌گذارد و کاگاوا میزان تسلط کوکوبو بر کلاس را به چالش می‌کشد.